O núcleo expositivo principal do Museu Pio XII intitula-se “Uma luz brilhou nas trevas” e encontra-se instalado no piso térreo e principal do edifício. Debruçando-se fundamentalmente sobre as coleções de arqueologia e arte sacra recolhidas pelo Cónego Luciano Afonso dos Santos, nele se conta a história da humanidade, desde que se conhecem hominídeos sobre a terra, passando pelo mesolítico, neolítico, idades do ferro, do bronze, do cobre, culturas castrejas, romanos, suevos, visigodos… e até aos nossos dias.

Ao longo do percurso dedicado à arqueologia pode apreciar-se um riquíssimo espólio em lítica, em cerâmica, em vidro, em bronze e ferro, numismática… O grande destaque deste setor da exposição são as cerâmicas encontradas no território bracarense. Sobressai um mosaico com motivos marinhos, perfeitamente preservado, resultado das escavações promovidas em 1968 no vizinho claustro do Seminário…

… Conciliar de S. Pedro e S. Paulo. Mas também merecem referência as estelas romanas, além de fragmentos de colunas e capitéis visigóticos. Também se podem contemplar marcos miliários, aras votivas, sarcófagos. Fazem igualmente parte da exposição inúmeras moedas.

Segue-se um extenso corredor onde a luz já brilha (o cristianismo desponta e começa a fazer história). Pontuam o caminho, merecendo este destaque, belíssimas esculturas e pinturas.

Encontramos depois uma sala dedicada à devocionária e, de seguida, uma sala de ourivesaria (ostentando um conjunto de 100 peças, doação de um casal: Hamilton Gonçalves e Manuela Vilaça).

De Cristo aos nossos dias – eis a história que se conta no enorme salão de pedra que, uma vez percorrido, nos coloca nos nossos dias e no hall de entrada, porta aberta para um piso superior, onde Henrique Medina – quiçá o maior retratista português do séc. XX, se dá a conhecer.